在药品生产环节，以落实GMP为重点，强化了对药品生产的动态监管。同时，及时将一批严重违反GMP的企业淘汰出局。收回药品GMP证书160多张，责令近300家药品和医疗器械生产企业停产，吊销13家药品生产企业的药品生产许可证。
在药品流通环节，以打假治劣为重点，有效净化了药品市场环境。全国共查处各类药品、医疗器械违法案件28万多件，捣毁制假窝点900多个，向司法机关移交案件440多件，刑事处罚279人，打击制售假劣药品和医疗器械违法犯罪行为取得重要成果。
在药品使用环节，以规范临床用药为重点，有效推进了安全合理用药。此外，还暂停了14个存在安全隐患药品的销售和使用，有效维护了公众用药安全。
此次药品专项整治，无论是整治力度还是整治成效都是前所未有的，使我国药品安全保障水平得到进一步提升。
集中教育活动在系统内全面展开
系统内极少数腐败分子受到党纪国法的严厉惩处。国务院副总理吴仪先后四次就汲取深刻教训、抓紧整改、加强食品药品监管作出重要指示。国家食品药品监管局认真吸取这些案件的教训，努力查找存在的问题，从2007年1月起，开展了为期两个月的“整顿机关作风、整改监管工作、重塑队伍形象”的集中教育活动。
国家食品药品监管局采取了一系列措施：树立和实践科学监管理念，认真解决“为谁监管、怎样监管”这一根本问题，准确把握工作定位，正确处理政府与企业、监管与服务、公众利益与商业利益的关系，依法履行监管职责；大力加强制度建设，以最大限度地实现药品审评审批的公开透明，切实加强对药品审批权的监督制约；推行执法责任制，从源头防治腐败，将推行行政执法责任制作为推进依法行政的重点工作；加强干部管理，坚持严格要求、严格教育、严格管理、严格监督，强化重点部门、关键岗位的干部轮岗交流制度；加强廉政建设，制定“八条禁令”和“五项制度”；充分发挥舆论监督的作用。
2007年3月30日，中共中央书记处书记、中央纪委副书记何勇亲临国家食品药品监管局集中教育活动总结大会，并对集中教育活动给予充分肯定。
集中教育活动在食品药品监管系统产生了很大反响，为食品药品专项整治顺利进行打下了基础。
全系统认真落实国务院特别规定
2007年7月26日，国务院总理温家宝签署第503号国务院令，公布《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》（以下简称《特别规定》），并自公布之日起施行。《特别规定》为产品安全监督管理提供了更有针对性、可操作性及有力的制度保障。
2007年8月24日，国家食品药品监管局审议通过《关于贯彻落实<国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定>的实施意见》（以下简称《实施意见》）。
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