现代农业高技术研究与发展的主体地位逐渐凸现，科研力量得到进一步优化。立足自主创新，以解决事关国家农业中长期发展和安全的战略性、前瞻性和方向性的现代农业高技术和常规手段难以突破的重大技术难题为选题，在国家高技术研究发展计划（863计划）支持下，主持863计划课题172个、参加课题167个，突破了一批关键技术，取得了禽流感基因工程疫苗、转基因三系杂交棉、双低油菜、鲑鱼降钙素高效表达技术体系等一批具有自主知识产权、世界领先的成果，获得专利345项、省部级以上奖励成果108项，发表高水平论文3070篇，出版著作128部，培养博士394名、硕士846名，全面提升了我院在国家现代农业高技术研究与发展中的主体地位和作用，实现了全院科研力量从科技攻关研究为主向高技术研究、科技攻关研究并重的战略性转变。
应用技术攻关研究成果显著，保持了传统领域优势，结构进一步优化。在发展中平稳实现了代际转移，目前科技攻关队伍的主体为改革开放后培养的30～50岁的中青年科研人员；研究重点从农业资源与种质创新、农作物育种、农业区域综合治理、病虫草鼠害综合防治等传统优势领域，进一步拓展到农产品精深加工、现代奶业、农产品质量与标准、节水农业技术、环境控制与修复、生物质能源等国家重大需求与新兴技术领域，研究方向与内容结构得到进一步调整和优化。五年来我院承担的科技攻关项目课题育成各类农作物、动物新品种187个，涌现出超级稻、矮败小麦育种技术体系、西门塔尔牛、大通牦牛等一批具有自主知识产权、世界领先的成果，为农业和农村经济持续、稳定、健康发展提供了强有力的科技支撑。
5、成果转化应用有效支撑“三农”发展
一批先进实用的科技成果得到快速转化应用，取得了显著的经济效益和社会效益。我院培育的国产转基因抗虫棉占全国种植面积比例，从“九五”末的5%上升到“十五”末的70%，达3000多万亩，彻底取代了以往国外抗虫棉品种的地位；双低油菜新品种实现高产与优质的统一，推广面积占全国播种面积比例从“九五”末的30%提高到“十五”末的40%，占湖北省油菜种植面积的80%，年播种面积达3500万亩以上；育成超级稻新品种8个，百亩示范片亩产均超过800公斤，累计推广面积达1800万亩，占全国超级稻种植面积的11%；果树、蔬菜、西甜瓜等园艺作物的新品种、新技术的推广在种植业结构调整中发挥了重要作用，其中甘蓝新品种种植面积占全国年播种面积的50%以上，累计推广面积达1亿亩左右；禽流感基因工程疫苗成为我国及东南亚等部分国家、地区防控高致病性禽流感的核心支撑技术，已累计应用65亿羽份，占全国用量的70%（其余30%均由我院哈尔滨兽医研究所提供技术进行生产），其中出口到越南3.4亿羽份，产生重大的国际影响。此外，通过组织开展各种类型的科技兴农、科技下乡、科技展览活动和科技合作，一批科技成果得到广泛推广应用，提升了我院在农业增产、增效和农民增收中的科技支撑力与影响力，促进了科技成果的转化与应用。
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