生态安全是可持续发展的保障。要求加强生态、环境、资源的预警和监测，创新生态环境保护、污染控制与修复技术，构建农业生态环境保护与预警技术体系。
能源安全是可持续发展的关键。要求在能源植物资源挖掘、生物质能源转化技术等方面，筛选、创新能源专用新品种，发展生物柴油、生物乙醇、沼气、生物质成型燃料等关键技术，构建农业生物质能源生产技术体系。
建设创新型国家是时代的使命。要求加快国家农业科技创新体系建设，全面提高农业科技自主创新能力，把农业基础与应用基础研究、前沿高技术研究放在十分突出的战略位置进行部署和安排，大力发展现代农业科学技术。
（三）发展基础
中国农业科学院经过近50年的建设和发展，在农业科技攻关、攀登科学高峰、服务宏观决策和经济建设主战场，支撑国家农产品供给实现总量平衡、丰年有余的历史性转变，结束短缺时代、走向全面建设小康社会的伟大历史进程中做出了不可替代的重要贡献，在科学技术研究、学科建设、人才队伍、科研条件、管理制度、国内外合作与交流、科技产业发展等方面奠定了坚实的基础。
“十五”期间，围绕“三个中心一个基地”战略目标，通过凝炼学科发展目标、深化科技体制改革、建设人才队伍、改善科研条件、加大科研立项和重大成果培育力度等措施，在科学技术创新、服务“三农”、创新能力建设和综合竞争力提高等方面取得了新的进展：
1、科技体制改革取得进展
按照科技部、财政部、中编办《关于农业部等九个部门所属科研机构改革方案的批复》要求，对院属38个单位施行了分类改革，转为非营利性科研机构的研究所18个、转为科技型企业的研究所12个、转为事业单位的4个、进入大学的4个；在优化学科与专业设置的基础上，整合了一批学科优势明显的机构和队伍，完成了作物科学研究所、农业环境与可持续发展研究所、农业资源与农业区划研究所、农产品加工研究所、农业质量标准与检测技术研究所等一批研究所的重组和筹建，推进了科研资源优化配置，机构设置更趋合理；实行了全员聘任制、人事代理制等人事制度改革，初步形成了人员“能上能下、能进能出”的新机制；全面试行“基本工资、岗位津贴、绩效奖励”三元结构的分配制度改革，创新活力进一步增强；“开放、流动、竞争、协作”的运行管理机制初步形成。
2、初步完成新的学科体系建设
确定了作物科学、动物科学、农业微生物科学、农业资源与环境科学、食品科学与工程、农业质量标准与检测、农业信息学、农业工程学、农业经济与科技发展等9大学科领域和“41个一级学科、173个二级学科、84个重点研究方向”的学科建设框架，组织实施了《中国农业科学院重点学科建设方案》和《中国农业科学院研究所学科建设实施方案》，初步形成面向现代农业、面向科学技术发展，结构合理、门类齐全、重点突出、以任务带学科的新型学科体系。
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