● 农药残留微生物降解技术研究
● 动物源性危险病原体监测预警与控制技术研究
● 禽流感大流行多样化疫苗及免疫治疗制剂研制
● 口蹄疫、猪瘟基因工程疫苗与分子诊断试剂研制
● 重组病毒活载体疫苗构建技术及免疫增强技术研究
● 特种动物与家养宠物疫病快速诊断与防治技术研究
● 新型抗禽流感病毒中兽药研制与合成
● 草地重大鼠虫成灾机理与综合防治技术研究
● 家畜日本血吸虫病基因工程疫苗与综合防治技术研究
● 动物热带疫病快速诊断与控制技术研究
● 奶牛重要疾病诊断新技术与防治药剂研制
● 奶畜重要繁殖障碍性疫病快速诊断与防治技术研究
● 动物结核病防控技术研究
● 马传染性贫血病毒弱毒疫苗免疫机制研究
● 人畜共患传染病病原生态学及分子流行病学基础研究
● 多病原混合感染机理及诊断鉴别技术的理论研究
● 动物重大疫病病原遗传变异与宿主免疫机理研究
● 重要动物疫病病原功能基因组学与蛋白质组学研究
4、农业资源高效利用
揭示土、肥、水、气等农业资源高效利用机理，创新资源高效利用技术、耕地质量保育技术、肥料生产技术、旱作农业技术、废弃物资源化循环利用技术等，加强重大关键技术系统集成，有效支撑国家资源安全与生态安全，促进农业可持续发展。
重点方向：
● 耕地质量保育与地力培育关键技术研究
● 农田水肥调控与高效利用技术研究
● 新型缓控肥料和生物肥料生产技术研究
● 肥料资源高效利用机理与营养调控技术研究
● 农作物营养诊断与配方施肥技术研究
● 集雨技术研究与雨水高效利用
● 节水高效种植结构与模式研究
● 作物生物性节水理论及调控技术研究
● 农作物产量-品质-环境要素同步协调与高效利用技术研究
● 农业废弃物无害化与资源化循环利用技术研究
5、农业环境控制与生态修复
揭示农业生态与环境变化规律和机理，创新农业环境污染控制与修复技术、农业有害生物生态调控技术、农业非生物灾害预警与控制技术、生态农业技术、农业生物多样性保护等，确保农业生态安全与环境安全。
重点方向：
● 农业生物多样性保护与利用
● 草地生态监测与退化草地修复
● 荒漠化草地建植与轮牧技术研究
● 农产品产地环境污染监测、控制与修复技术研究
● 可控环境下环境要素对作物生长发育的影响机制研究
● 水产养殖废物预测与调控技术研究
● 农业应用微生物工程技术研究
● 灌区地下水环境监测预警与雨洪回补平衡修复技术研究
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